В Кресненското дефиле се среща изключително многообразие от животински видове, които са били обект на задълбочени фаунистични изследвания от десетилетия (Бешков 1975, 1976, 1977, Берон и др. 2011, Hubenov 2012).

Общо 3199 вида, принадлежащи към 355 семейства, 75 разреда, 16 класа и 5 типа са известни за Кресна (Hubenov 2012), като това представлява 10,5% от видовото разнообразие за страната. Висок е процента на видове от средиземноморския регион сред групи като сенокосци (Opiliones) – 100.0%, гущери (Sauria) – 83.3%, псевдоскорпиони (Pseudoscorpiones) – 75.0%, змии (Serpentes) – 75.0%, мрежокрили (Neuroptera) – 72.9% и др., като за някой от таксоните Кресненското дефиле се явява най-северна граница на разпространение.

298 вида са определени като редки. Най-богати на редки видове са групите на гущери (Sauria 50.0%), змии (Ophidia) – 25.0%, прилепи (Chiroptera) – 23.5%, пеперуди (Lepidoptera) –23.3%, ручейници (Trichoptera) – 18.9% и правокрили (Orthopterida) –17.6%.

83 вида, от срещащите се в дефилето са ендемични. Най-висок ендемизъм се наблюдава при следните групи Stylommatophora (31.2%), Isopoda (25.0%), Opiliones (18.7%), Cipriniformes (18.2%), Orthopterida (17.6%) and Trichoptera (14.1%). Локален или регионален ендемизъм се наблюдава при 5 вида (6,7%) от следните групи Acariformes, Orthoptera and Heteroptera. Български ендемити са 3 вида от групите Isopoda, Trichoptera and Lepidoptera. Балкански ендемити са най-много – 75 вида, като ендемизма е по-висок сред безгръбначните животни.

Защитени видове безгръбачни животни: 5 вида, защитени от Българското законодателство, в IUCN Red List са включени 8 вида от Rhynchobdellida, Decapoda, Odonata, Coleoptera, Lepidoptera и Unionida; в Бернската конвенция (Bern Convention) – 10 вида от същите групи; Директива за хабитатите – 7 вида от споменатите разреди и 1 вид от правокрили (Orthoptera); ESC Red List – 11 вида от Rhynchobdellida, Decapoda, Araneae, Odonata, Coleoptera и Lepidoptera; CORINE – 11 вида от Rhynchobdellida, Odonata, Coleoptera и Lepidoptera. Най-богатите на защитени видове разреди (от 2 да 6 вида) са водните кончета (Odonata), бръмбари (Coleoptera) и пеперуди (Lepidoptera).

Броят на защитените гръбначни животни е много висок – 255 вида са защитени от Българското законодателство (ЗБР), 58 вида са включени в червената книга на България (Бисерков, В. и др. (ред.) 2015), 29 вида са включени в IUCN Red List, 290 вида – в Bern Convention, 129 вида – в Bon Convention, 78 вида – в Директивата за птици, 36 вида – в Директивата за хабитати, 17 вида – в EUROBATS, 135 вида – в ESC Red List и 47 вида – в CITES.

Eмблематични видове за Креснeнското дефиле: леопардов смок (Zamenis situla), ивичест смок (Elaphe quatuorlineata), котешка змия (Telescopus fallax), змия червейница (Typhlops vermicularis), сухоземните костенурки (Testudo spp.), голям подковонос (Rhinolophus ferrumequinum) и трицветен нощник (Myotis emarginatus).

Най-застрашени от прегазване и сблъсъци редки видове гръбначни, които обитават пролома.

Използвана литература: Hubenov, Z. 2012. Estimation of the faunistic diversity of the Kresna Gorge – Historia naturalis bulgarica, 20: 107-120, 2012
Берон и др. (ред) 2011 Биоразнообразие на Кресненския пролом. Изд. Нац. природон. музей и Инст. зоол., София, 131-143
Бешков В. 1974 Верткално разпространение на змиите в един специфичен с видовото си разнообразие район на Югозападна България.
Бешков В. 1975, 1976, 1977 Изследване върху биологията и екологията на змиите в Малешевска планина (Югозападна България) (I, II, III част)
Бисерков, В. и др. (ред.) 2015. Електронно издание на Червена книга на Република България. БАН & МОСВ, София http://e-ecodb.bas.bg/rdb/